Le cerf de Virginie – le grand mammifère le plus abondant en Amérique du Nord – a été trouvé abritant d’anciennes variantes de Covid qui ne sont plus vues dans la circulation humaine. On estime qu’il y a environ 30 millions de cerfs de Virginie aux États-Unis. Les animaux ont été infectés par le coronavirus pendant la pandémie grâce à un contact continu avec les humains, ont expliqué des experts, probablement via l’alimentation d’animaux sauvages, la chasse, le contact avec des sources d’eau ou d’eaux usées ou la réhabilitation de la faune.
L’auteur de l’article et virologue, le professeur Diego Diel de l’Université Cornell, a déclaré: « L’une des découvertes les plus frappantes de cette étude a été la détection de la co-circulation de trois variantes préoccupantes – alpha, gamma et delta – dans cette population d’animaux sauvages.
« Un virus qui a émergé chez l’homme en Asie, très probablement après un événement de débordement d’un réservoir animal sur l’homme […] a potentiellement trouvé un nouveau réservoir faunique en Amérique du Nord.
Dans leur étude, le professeur Diel et son équipe ont analysé quelque 5 700 échantillons prélevés sur des cerfs de Virginie à New York au cours de la période 2020-22.
Ils ont comparé les séquences génomiques des variantes de Covid trouvées chez le cerf avec les séquences des mêmes variantes dans la population humaine de New York.
L’analyse a révélé que les virus avaient muté chez le cerf – un fait qui suggère que les variantes circulaient chez les animaux depuis plusieurs mois.
Par exemple, au moment où les variantes alpha et gamma ont été découvertes pour la première fois chez le cerf, il n’y avait aucune preuve qu’elles circulaient encore chez les humains dans la région.
En fait, à l’époque, aucune variante n’avait été détectée à New York en 4 à 6 mois.
Le professeur Diel a déclaré: « Lorsque nous avons effectué des comparaisons de séquences entre ces virus récupérés sur des cerfs de Virginie avec les séquences humaines, nous avons observé un nombre important de mutations dans le génome du virus. »
Selon les chercheurs, des travaux supplémentaires sont nécessaires pour confirmer si ces variantes disparaîtront également du cerf au fil du temps – ou s’il existe un risque que Covid se propage à d’autres animaux sauvages, y compris les prédateurs de l’animal.
Le professeur Diel a expliqué : « En raison des preuves obtenues dans notre étude, il est très important de continuer à surveiller le virus dans ces populations animales.
Ce n’est qu’ainsi, a-t-il ajouté, que nous pourrons « vraiment comprendre et suivre les changements qui pourraient se répercuter sur les humains et les autres animaux sauvages ».
Les résultats complets de l’étude ont été publiés dans la revue Actes de l’Académie nationale des sciences.
